Quiero llamar a un archivo .exe usando C, ¿cómo lo hago?

Fácil.

Si file1.txt file2.txt es un parámetro posicional de yourexe.exe:

llamada C

system("yourexe.exe file1.txt file2. txt ");

Si archivo1.txt archivo2.txt es a través de un diálogo, escriba desde el teclado:

(1) Cree un archivo de texto, por ejemplo, llamado my.in

El contenido de my.in tiene dos líneas:

file1.txt

file2.txt

(2) llamada C

system("yourexe.exe

my.in reemplaza la escritura con el teclado.