Utilizo el siguiente código de Matlab para convertirlo en un vídeo, a veces puede, a veces no puede generar un vídeo. ¿Cómo solucionarlo?

A juzgar por la información que publicó, en el primer caso, pic es una matriz de estructura de 0x1, que es una matriz vacía. ¿Está seguro de que la ejecución del programa produce los resultados que desea?

Si lo primero es realmente correcto, entonces puede ser que la resolución de tu imagen en el segundo caso sea diferente.