¿Tiene MSI proz690a una interfaz de 5v3pin?

Sí.

El jrainbow de la placa base MSI tiene 3 pines 5v.

5V3pin debe referirse al ventilador del radiador. La interfaz de fuente de alimentación del ventilador de refrigeración de todas las placas base es pequeña de 4 pines compatible con pequeña de 3 pines de forma predeterminada, y habrá un deflector a prueba de errores en la interfaz de la placa base.