Cómo modificar la interfaz de instalación de archivos exe
Hay una manera de encapsularlo después de la instalación.
Depende de las modificaciones que se realizaron después de instalar el exe. Por ejemplo, escribir en el registro, publicar archivos en appDATA, crear programas de tareas, etc. Esto se puede controlar mediante software como la desinstalación total.
Después de encontrar todas estas modificaciones, puede utilizar un software para empaquetarlas. Puedes usar Inno Setup para hacer el trabajo, pero necesitarás conocer algún lenguaje de programación para que se vea bien.