Trama del juego Fire Emblem: Mystery of the Emblem

En un pasado lejano, el ejército del Imperio Drua liderado por Medius, el líder de la tribu de los dragones, invadió el continente de Arkania. La gente cayó en el terror y la desesperación. El Santo Reino de Arkania también fue destruido por el aterrador Dragón Oscuro. El mundo está al borde de la destrucción. Pero... ocurrió un milagro. Había un joven llamado Ani de Alidia. Después de todo el arduo trabajo, obtuvo la espada divina Farucion y derrotó al dragón oscuro Medius. El Imperio Druida fue destruido. El Reino de Arkania fue reconstruido. Llegó la paz y se establecieron muchos países, liderados por Alidia.

Sin embargo, cien años después del final de la Guerra Drua, Medius resucitó en Drua después de tanto tiempo. También se fusionó con los países vecinos Grunia y Macedonia y reconstruyó el Imperio Drua. En Dyne, había un arzobispo llamado Garniver que quería gobernar el mundo. Unió fuerzas con el Imperio para atacar el Reino de Arkania. El Reino de Arkania resistió desesperadamente, pero fue derrotado paso a paso frente a Medius y el famoso general Camus de Grunia. Al final, Arkania fue destruida. Todos los miembros de la familia real fueron ejecutados excepto la princesa Nina que escapó por casualidad. . En Alidia, que heredó el linaje del héroe Anni, el rey Cornelias sacó la legendaria espada Farucion para derrotar a Medius. Sin embargo, sufrió grandes pérdidas debido a la traición de su aliado Gula, y el Reino de Alidia también fue destruido. El príncipe Malus, que sólo tenía 14 años, escapó con la ayuda de su hermana Alice y huyó a la isla fronteriza de Tallis...