¿En qué directorio se debe colocar el certificado de nombre de dominio?

Si es un host virtual, generalmente puede importar el certificado y la clave a través del panel del host, y el servidor los colocará automáticamente en el directorio especificado.

Si es apache; o nignx, puede cargarlo en cualquier directorio y luego configurar el archivo para especificar la ubicación correcta del certificado;

Si es iis, cárguelo a través del administrador de iis y luego impleméntelo en el sitio del nombre de dominio contenido en el certificado.