¿Existe alguna forma de convertir archivos VTK a STL?

vtkSTLWriter debería ayudarle, unas pocas líneas de código pueden resolver este problema.

Pero lo más habitual es que las conversiones entre formatos se puedan guardar pero no se puedan abrir en algunos programas.

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Si eso no funciona, busque un programa de código abierto que admita vtk a stl, como slicer; mirar parte de su código fuente debería resolver el problema.