¿Qué software de programación necesitan saber los ingenieros de automatización eléctrica?

Depende en qué dirección vayas, usa keil o iar para microcontroladores

PLC: Siemens, Omron, etc.

Aprende VC6.0 o superior para control industrial

Dibujo de PCB: use protel o AD6.9

Use cad para cableado eléctrico

También existen algunos software de análisis de circuitos

Muchos, muchos, lo más importante es aprender bien lo básico, para que el "upgrade" sea más rápido, y el software solo aplique lo aprendido para practicar