Sé que は se pronuncia wa cuando se usa como partícula, pero ¿cómo puedo saber si es una partícula?

Creo que primero deberías revisar el uso de partículas en japonés, cómo se continúan, etc.

Además, respecto a la diferencia entre こんにちは y おはようございます, creo que este es el caso. Si el primero está escrito en caracteres chinos, significa "日は", que continúa después del sustantivo y desempeña el papel de una partícula. Cuando se usa como partícula, se pronuncia "wa". Pero esta última es la transformación de "はやい", "お＋はようございます". "はようございます" es el honorífico de "はやい". Es lo mismo que el honorífico "よろしゅうございます" para "よろしい".