Soy un estudiante junior y básicamente terminé de aprender la sintaxis de Java, pero siento que no sé programar y no tengo ese tipo de pensamiento de programación. ¿Qué debo hacer?

Tu problema es que no practicas lo suficiente por muy bueno que seas en el aprendizaje de idiomas, de nada sirve si no escribes código. Si cree que trabajar en proyectos es difícil, le sugiero que haga más preguntas pequeñas similares a ACM para mejorar sus habilidades algorítmicas. Si persiste durante unos meses, encontrará que sus habilidades de programación han mejorado enormemente. En ese momento, si poco a poco comienza a utilizar lenguajes orientados a objetos para realizar proyectos pequeños, descubrirá que esas cosas son realmente muy fáciles.