El software descargado desde mi computadora se puede ejecutar sin ningún entorno operativo. El software escrito en programación JAVA requiere una máquina virtual Java para ejecutarse.

El software que descargaste en tu computadora se ejecuta en Windows. No funcionará si cambias a Linux.

La programación Java se ejecuta en la máquina virtual Java. Pero tanto Windows como Linux tienen máquinas virtuales Java. Para que todos puedan huir.

De hecho, Microsoft.net también tiene su propia máquina virtual. Es solo que esta máquina virtual solo puede ejecutarse en Windows. Y el sistema viene con una versión de la máquina virtual.