¿Cómo hacer que algunos sitios web utilicen la ruta ipv6 y otros utilicen la v4?

Sí.

¿También depende de si se debe utilizar IPv6 para acceder a sitios web IPv4? ¿Se utiliza un proxy como IPv6toIPv4? Si el uso de IPv6 sólo es adecuado para acceder a sitios web IPv6, no es necesario desmarcar el protocolo IPv4. Si está utilizando un proxy IPv6 para acceder a un sitio web IPv4, puede establecer una regla para su proxy: todos los sitios web IPv6, intranets de redes educativas y sitios web que crea que no necesitan usar un servidor proxy se incluyen en la regla. Al habilitar el proxy, solo se accederá a las URL no incluidas en las reglas a través del proxy IPv6. Por ejemplo, la mayoría de los nombres de dominio nacionales terminan en .cn. Puede configurar *.*.com.cn como regla, de modo que las direcciones de dichos nombres de dominio no utilicen servidores proxy IPv6 para conectarse, sino que utilicen directamente su IPv4 para conectarse. Por supuesto, ambos acuerdos deben cumplirse.