¿Puede decirme si existen diferencias en los tipos de datos para diferentes microcontroladores programados en C?

Por supuesto que no. En la programación real, la gente rara vez usa char short int, porque diferentes CPU tienen diferentes tipos de datos

En la práctica, la gente redefinirá el tipo de datos de esta manera

Typedef unsigned char uint8; variable entera de 8 bits sin signo

Typedef signed char int8; // variable entera de 8 bits con signo

Typedef unsigned short uint8 // variable entera de 8 bits sin signo