Introducción a la PCR digital

Los sistemas de PCR digitales son ampliamente aceptados como una herramienta de investigación en ciencias biológicas eficaz y de uso común y han comenzado a ingresar al mercado clínico. La empresa francesa Stilla Technologies ha lanzado un sistema de PCR digital de alto rendimiento, Naica HT, que, combinado con el nuevo chip Opal, aumenta efectivamente el rendimiento cuatro veces en comparación con el sistema de PCR digital Naica.

Además, la empresa lanzó un proyecto de desarrollo para un sistema de detección de PCR digital de 6 colores para mejorar las capacidades de detección del sistema y buscar oportunidades de cooperación con el campo de diagnóstico y los fabricantes de reactivos de diagnóstico.

Caroline Charky, vicepresidenta de operaciones comerciales de Stilla Company, presentó el sistema de PCR digital de alto rendimiento Naica HT y el nuevo chip Opal en la conferencia SLAS (Laboratory Automation and Screening Conference) en febrero de 2019, que puede detectar cada día ≥240 muestras y ganó el premio NPA New Product Award en esta reunión.

Charky dijo: “El chip Opal utiliza la misma tecnología de microfluidos que el sistema Naica de primera generación para generar gotas dentro del chip. La plataforma Naica HT de alto rendimiento y el chip Opal son los mismos que los de primera generación. Sistema Naica de generación El sistema de PCR digital Naica consta de tres partes: el dispositivo Geode incluye la generación automatizada de gotitas y los pasos de amplificación por PCR en la matriz de gotitas ensambladas duran aproximadamente 1 hora. El sistema de análisis de lectura de gotas Prime3 puede leer fluorescencia de tres colores y leer 12 muestras en 10 minutos. El análisis de datos de Crystal Miner puede identificar automáticamente cada gota negativa y positiva en la fluorescencia de tres colores y, finalmente, calcular el contenido absoluto del ADN objetivo.

"El chip Sapphire utilizado en el sistema de PCR digital Naica es el chip de primera generación, que puede procesar 4 muestras, 3 chips a la vez, y puede realizar ≥60 muestras por día. Sin embargo, en Europa, Asia "Muchos clientes en los Estados Unidos tienen necesidades de alto rendimiento. Ahora, con el sistema de PCR digital de alto rendimiento Naica HT, se pueden procesar 16 muestras simultáneamente en el chip Opal del mismo tamaño que Sapphire, y se pueden procesar 48 muestras en una reacción", dijo Charky.

Durante la investigación de mercado, Stilla Company descubrió que algunos laboratorios, especialmente los de pruebas de alimentos, tienen aplicaciones en el campo de la oncología, como el diagnóstico complementario y el seguimiento de la medicación para pacientes con tumores, así como la qPCR a gran escala que requiere PCR digital para verificar resultados negativos. Todos los laboratorios tienen necesidades de alto rendimiento.

El sistema de PCR digital de alto rendimiento Naica HT también puede realizar reacciones múltiples de tres colores, y cada experimento dura 2,5 horas y cinco rondas de experimentos por día. Charky dijo: "El sistema digital de alto rendimiento Naica HT. El sistema de PCR puede realizar reacciones múltiples de tres colores todos los días. Puede detectar 240 muestras, lo que significa que puede detectar 720 genes objetivo ".

En comparación con el chip Sapphire, el volumen de reacción del chip Opal es menor. .

"En el chip Opal reducimos el volumen de reacción de 25 μl a 8 μl", dijo Charky. "Se pueden utilizar menos reactivos", dijo. Para experimentos que requieren mayor sensibilidad, el chip Opal tiene una estrategia de integrar de dos a tres pocillos de reacción sellados. Con un intervalo de confianza del 95 %, la sensibilidad puede alcanzar 0,2 copias/25 μL. El sistema de PCR digital Naica HT de alto rendimiento es compatible con chips Sapphire y Opal. El sistema de PCR digital Naica se puede actualizar al sistema de PCR digital Naica HT de alto rendimiento.

Aric Joneja, científico senior del departamento de diagnóstico rápido de Abbott Laboratories, está utilizando el sistema de PCR digital Naica de Stilla para el desarrollo de productos. Compraron un sistema de PCR digital Naica hace dos años para PCR en gotas y RT-PCR en gotas. Planean comenzar a utilizar chips Naica HT y Opal. Joneja cree que el sistema Naica requiere menos operaciones manuales, menos consumibles y es fácil de operar. Al mismo tiempo, se señaló que Stilla tiene una función de revisión de datos, lo que facilita realizar el control de calidad de los datos y ver los resultados originales de los datos.

Joneja señaló que el laboratorio definitivamente no comprará un sistema de detección de dos colores después de descubrir el sistema de detección de tres colores.

En una entrevista de seguimiento, Charky señaló que la patente de Stilla es completamente diferente a la de Bio-Rad. "Cada parte es diferente", dijo, "es una tecnología completamente diferente".

Al mismo tiempo, Stilla está desarrollando un sistema de detección por PCR digital de seis colores para realizar la detección por PCR digital de múltiples objetivos. genes, "Somos la primera empresa del mundo en desarrollar un sistema de PCR digital de seis colores", dijo Charky.

Como se informó anteriormente, el uso de PCR digital de tres colores para detectar mutaciones de EGFR se publicó en 2017. Este mes, el uso de PCR digital de seis colores para detectar mutaciones relacionadas con el cáncer de pulmón de células no pequeñas fue publicado en la revista Oncotarget. Método de biopsia líquida para sensibilizar y mutaciones resistentes a los medicamentos en el gen EGFR.

“El sistema de PCR digital de seis colores se encuentra actualmente en la fase de prueba y se espera que Stilla se lance en 2020 o 2021”, dijo Charky. “Como fabricante de instrumentos, nuestra empresa está trabajando con empresas. que utilizan Naica para desarrollar y optimizar reactivos* **Para desarrollar reactivos juntos", dijo Charky, "una empresa alemana de investigación y desarrollo que utiliza el sistema Naica está desarrollando un método de detección por PCR digital para organismos genéticamente modificados. Stilla planea cooperar con esta empresa para lanzarlo. una solución completa. Otra empresa está ubicada en Montpellier. La empresa de Lie está desarrollando CTC y kits de biopsia líquida para CE-IVD. Al mismo tiempo, la empresa también está desarrollando sus propios proyectos clínicos", dijo Charky. "Ya hay productos en el mercado. Proyectos de investigación y desarrollo que eventualmente pueden obtener CE-IVD."

Han pasado tres años desde que la compañía lanzó el sistema Naica en 2016, dijo Charky, y recientemente recibió financiamiento de Illumina. También es socio del proyecto “Liquid Biopsy and Imaging for Improving Cancer Care (LIMA)” liderado por la Unión Europea y Royal Philips.

El año pasado, Stilla ganó una licitación pública de una alianza de 39 hospitales de París. Estos 39 hospitales completarán la adquisición del sistema Naica en los próximos cuatro años. Para apoyar el rápido desarrollo de la empresa, la empresa se está expandiendo y hasta finales de este año triplicará su superficie, afirmó Charky.

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