¿Cómo utilizar pymol para separar receptores y ligandos y luego guardarlos como dos archivos .pdb?

Después del acoplamiento automático, guarde el receptor y el ligando como dos archivos .ppdb independientes y luego use la función de apilamiento de DS para apilar estas pequeñas moléculas y los ligandos originales. Puedes hacerlo con PYMOL.

Exporte moléculas pequeñas acopladas automáticamente al formato PDB y exporte moléculas grandes al formato PDB. Hay una fusión en maestro que se puede integrar en una forma compuesta completa. Alinee con el complejo cristalino en PYMOL para obtener un mapa de patrón de apilamiento.

La unión entre el receptor y el ligando da como resultado la activación del cuerpo del receptor DU y proporciona la base para la posterior señalización mediante la activación del receptor. En condiciones fisiológicas, la unión entre receptores y ligandos no está mediada por enlaces valentes. Se combinan principalmente entre sí mediante enlaces iónicos, enlaces de hidrógeno, fuerzas de van der Waals e interacciones hidrofóbicas. Los receptores tienen características como saturación, alta afinidad, especificidad y reversibilidad al unirse a ligandos.

Información ampliada:

PyMOL es adecuado para crear imágenes de alta calidad de estructuras tridimensionales de moléculas pequeñas o grandes, especialmente proteínas. Según los autores del software, una de cada cuatro imágenes de estructuras de proteínas en la literatura científica publicada se ha dibujado con PyMOL.

PyMOL es una de las pocas herramientas de visualización de código abierto en el campo de la biología estructural.

El software se llama Py MOL: "Py" significa que se deriva del lenguaje informático Python y "MOL" significa que es un software para mostrar estructuras moleculares (moléculas).

Enciclopedia Baidu-PyMol