Cómo instalar el paquete Bioconductor para R en el chip MAC M1

Para computadoras M1, cuando intentamos instalar usando BiocManager::install(), algunos paquetes de software generarán errores. Aquí tomo el paquete de software DESeq2 como ejemplo e intento instalarlo directamente:

Aquí debemos asegurarnos de que tres puntos sean correctos:

1. gcc está instalado correctamente. gcc en la terminal para verificar si hay algún cambio en el comando, si no, instálelo mediante el comando brew install gcc

2. gfortran está instalado correctamente, si no, instálelo mediante el comando brew install gcc;

3. Si no, utilice brew. El comando install gfortran instala gfortran.

3. Escriba xcode-select --install para instalar la herramienta de línea de comandos Xcode:

Primero, use el comando brew list gcc para verificar la ruta de gcc:

Luego, edite el archivo Makevars, vi ~/. Makevars

Nota: ¡El último FLIBS debe corresponder a la ruta que creó anteriormente! VER=- 11 ¡Este número depende de tu versión de gcc!

Vincula la ruta del gfortran instalado al directorio R:

sudo ln -s /opt/homebrew/bin/gfortran /opt/R/arm64/bin/

En este punto, reinstalamos, ¡preferiblemente usando la línea de comando R!

Se instalará exitosamente.

Hay varias razones por las que falla la instalación: