Cómo preparar archivos pdbq y pdbqs
En diferentes plataformas operativas, debido a las diferentes versiones de awk, sus métodos de ejecución también son ligeramente diferentes.
Por ejemplo, en sgi irix, puedes usar el comando mol2topdbqs directamente. Este comando en realidad consta de dos comandos:
%mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
Pero en Linux, este comando generará un error. Sin embargo, este comando se puede dividir en dos comandos:
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
Para archivos de ligandos de moléculas pequeñas, utilice el comando deftors.
Utilice
$deftors lig.mol2
Le solicitará la definición del anillo, simplemente seleccione 1->c->c.
Esto es para un único archivo de ligando. Si es para varias moléculas pequeñas en la base de datos, debe escribir un script de bucle para realizar operaciones por lotes.
nci-3d ya ha preparado pequeñas moléculas en formato pdbq, que se pueden utilizar directamente para el acoplamiento automático. Creo que puedes consultar su método de conversión por lotes.
La parte que consume más tiempo del proceso de acoplamiento automático es el cálculo de los parámetros de la red. Y los parámetros de la red son diferentes para cada pequeña molécula que interactúa con el receptor. En dos artículos en JMC (J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318; J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430), el mismo grupo de investigación publicó dos artículos, dirigidos principalmente a las enzimas P450, modificando el autodock El código fuente permite el cálculo de los parámetros de la red para diferentes tipos de átomos debe completarse al mismo tiempo. Luego, se pueden acoplar diferentes moléculas pequeñas llamando a los parámetros de cuadrícula calculados en cualquier momento. Esto resuelve el problema de velocidad que supone calcular repetidamente los parámetros de los puntos de la cuadrícula para cada molécula en el cribado virtual.
En un artículo reciente (proteins, 200665:549-554), un grupo de investigación coreano publicó un artículo sobre detección virtual utilizando tecnología de acoplamiento automático. El artículo no presentó en detalle el método de cálculo del punto de la cuadrícula, pero especulo que también adoptaron el método de los dos artículos de JMC.
El código fuente de autodock modificado del autor del artículo de jmc se puede obtener contactándolo por correo electrónico. Además, al modificar el código fuente, pudieron considerar el papel aceptor de enlaces de hidrógeno del oxígeno en las moléculas de agua en el acoplamiento molecular (en el código original, solo se podía considerar el papel donador de enlaces de hidrógeno de las moléculas de agua).
El Instituto de Materia Médica de Shanghai publicó una vez un guión en el foro, utilizando autodock para realizar exámenes virtuales cíclicos. Esto es muy informativo. Sin embargo, este script requiere el cálculo de la energía reticular de cada molécula pequeña en la base de datos, lo que puede extender significativamente el tiempo de detección virtual.