Aplicación de la secuenciación del genoma en genomas bacterianos (2)

Continuación de arriba: Aplicación de la secuenciación del genoma en microbiología (1)

4. Macroanálisis de múltiples muestras, como análisis filogenético, tipificación y análisis de trazabilidad.

Mutaciones filogenéticamente informativas en genes asociados a la resistencia a antibióticos en el complejo Mycobacterium tuberculosis

doi:?10.1186/s13073-020-00726-5

Resultados principales: Las muestras se secuenciaron utilizando tecnología Illumina (MiSeq, NextSeq 500, HiSeq 2500). Para interpretar con precisión los datos de secuenciación del genoma completo de las pruebas genotípicas de susceptibilidad a los medicamentos (DST), se requiere una comprensión integral de la variación genética en los genes asociados con la resistencia a los antibióticos en el complejo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) para comprender completamente las relaciones. Los autores detectaron SNP en 92 genes responsables de la resistencia a 21 fármacos antituberculosos en 405 cepas de MTBC. Como se muestra en la figura siguiente, estos genes se dividieron en 7 ramas evolutivas para determinar la relación entre genotipo y fenotipo.

5. Análisis comparativo de múltiples muestras a nivel genético, y comparación de estructuras entre muestras a escala local (nivel de andamio).

Mutaciones clínicamente relevantes en genes metabólicos centrales confieren resistencia a los antibióticos

DOI: 10.1126/science.aba0862

Resultados principales: Secuenciación del genoma utilizando Illumina HiSeq 2500. Para evaluar si estas mutaciones metabólicas conferirían resistencia a los medicamentos, se utilizaron subconjuntos de genes representativos relacionados con el metabolismo (sucA, gltD, ushA, icd, ycgG y yidA) y genes clásicos de resistencia a los medicamentos (ompF, acrD y gyrA). En todos los casos, el nivel de resistencia de los mutantes metabólicos a al menos un antibiótico fue consistente con los valores de CIM correspondientes, lo que sugiere que las mutaciones metabólicas pueden afectar los niveles de expresión y/o la actividad catalítica en lugar de la estructura o función de la proteína, a pesar de esto. El efecto no es obvio. En conjunto, estos resultados indican que estas variantes metabólicas clínicamente relevantes son de hecho resistentes.

Interpretación del artículo de investigación del genoma microbiano-1mp.weixin.qq.com Interpretación del artículo de investigación del genoma microbiano-2mp.weixin.qq.com