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Archivos de anotación del genoma (2) | Descripción del formato de archivo gff y gtf

GFF y GTF son los dos formatos de anotación del genoma más utilizados al crear una biblioteca en el análisis de información, además de los archivos fasta, estos dos archivos generalmente son necesarios para extraer la información requerida para la anotación.

GFF (Formato de características generales) es un archivo que se utiliza para describir las características del genoma. La mayoría de los que utilizamos ahora son la tercera versión (gff3).

A excepción de gff1, los archivos gff se componen de 9 columnas de datos. Las primeras 8 columnas de información son las mismas en las tres versiones de gff, pero los nombres son diferentes:

. El archivo gtf se basa en Consta de 9 columnas separadas por la tecla de tabulación. La siguiente es la información correspondiente a cada columna:

Al principio del archivo GFF, puede haber una línea de comentario que comience con. #, el ejemplo es el siguiente

Para diferentes genomas Características, cuyas propiedades son diferentes.

Los cromosomas son la base, y en los cromosomas deben localizarse genes, exones, etc. posteriores.

Los ejemplos de pseudogenes son los siguientes

Los ejemplos de genes de ARNt son los siguientes

Los ejemplos de genes de miARN son los siguientes

Un miARN El gen eventualmente formará dos miARN maduros.

A continuación se muestran ejemplos de genes de lncRNA.

Cabe señalar que debido a la existencia de empalme alternativo, un gen codificador de proteínas puede tener múltiples transcripciones.

Consulte la información de anotación en la columna 9:

El nombre completo de gtf es formato de transferencia de genes, que se utiliza principalmente para anotar genes. El formato gtf más utilizado actualmente es la segunda versión. (gtf2). Todo lo siguiente se basa en la descripción de gtf2.

gtf es muy similar a gff3. También tiene 9 columnas de contenido. Su contenido es el siguiente:

Ejemplo:

GFF significa formato de características generales. Este formato se utiliza principalmente para anotar genomas.

GTF significa formato de transferencia de genes, que se utiliza principalmente para anotar genes.

La novena columna de GTF suele ser:

La novena columna de GFF suele ser:

En la actualidad, los dos archivos se pueden convertir fácilmente entre sí. : Utilice gffread

formato UCSC GTF

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上篇: Introducción a "Dragon Part 2", Capítulo 4: ¡El dragón volador está en el cielo! Del funcionario: Queridos jugadores y amigos, hola a todos: ¡El capítulo 4 "Dragón volador en el cielo" de "Dragon Part 2" abrirá la beta pública del héroe el 18 de marzo de 2011! Para proporcionar un mejor entorno de juego para nuevos jugadores y permitir que más jugadores disfruten del mundo del juego de "Dragon Babu" e interpreten las historias más clásicas de Jianghu, todos los servidores del mundo de "Dragon Babu" (excepto Longyuan y Longmen Inn) ¡Se actualizará de 7:00 a 9:00 el 18 de marzo de 2011! Una vez completado el mantenimiento, el número de versión se actualizará a 2.60.0603. Si el contenido de mantenimiento no se puede completar dentro del tiempo programado, la hora de inicio continuará posponiéndose. Infórmense unos a otros y prepárense con anticipación. Nos disculpamos por cualquier inconveniente que les hayamos causado durante el tiempo de inactividad. Les deseo un feliz juego Felicitaciones por el lanzamiento del cuarto capítulo "Flying Dragon in the Sky" de "Dragon Part 2". La versión beta pública se lanzará desde las 9:00 del 18 de marzo de 2011 hasta las 7:00 del día. 21 de marzo de 2011. ¡Todos los servidores se abrirán 1,2 veces con recompensas y mejoras a la velocidad de la luz! Experimente mejoras en la velocidad de la luz. Les deseo a todos un feliz juego. Para agradecerles a todos por su apoyo al Capítulo 4 "Flying Dragon in the Sky" de "Dragon Part 2", el 20 de marzo y el 3 de abril de 2011, las recompensas de experiencia por "Sweeping the Peony". El evento Bowl" se duplicará y se combinará con el último accesorio: "Xuanling Pill" puede obtener hasta 76,8 veces la recompensa de experiencia. Usando el último accesorio "Xuanling Pill", la recompensa de experiencia se duplica: "Xuanling Pill" puede disfruta de hasta 76,8 veces la recompensa de experiencia. Al mismo tiempo, se ha reabierto la actividad "Contraataque", agotada Mount: Lightning Sable te está esperando. se llevará a cabo del 18 de marzo al 7 de abril en el servidor designado (del 18 de marzo al 19 de marzo, todos los servidores nuevos). Regístrese, descargue y actualice para obtener iPhone 4, paquetes de regalo LV y otros obsequios de lujo de forma gratuita. consulte el Capítulo 4 de "Dragon 2" "Flying Dragon in the Sky". Haga clic en el nuevo servidor para ver la característica especial del Capítulo 4 "Flying Dragon in the Sky" de "Dragon in the Sky" Nueva montura Flying Mount: The. La nueva versión de Golden Winged Dragon Beast tiene una nueva montura móvil: Golden Winged Dragon Beast, la primera del mundo en ingresar a la era del vuelo, la nueva versión agrega un nuevo método de movimiento. ¡Después de equipar la montura voladora, el jugador puede moverse! de lado en la superficie de vuelo independientemente de los obstáculos, lo que reduce el tiempo de carrera del jugador en la escena y le da a la escena una nueva perspectiva de gran angular para una mejor experiencia visual. Nueva actividad 1. Shaoshi Mountain Storyline Challenge En la mazmorra, observa a los tres. Los hermanos Xiao Feng adoran frente a la batalla y ven a los héroes del mundo realizar un regreso impactante 2. Se reproduce el trabajo original clásico más apasionante de Jin Yong, lo que te permite experimentar el máximo placer de la mazmorra de estrategia avanzada: la mazmorra de trama Shaoshishan 80. : jugadores por encima del nivel 80. Puedes formar un equipo con Zhu Danchen en Dali (75, 95) para ingresar a la mazmorra de la montaña Shaoshi (trama) y derrotar a todos los BOSS, incluidos: Mao Mozhi, Zhuang Juxian, Murong Fu, Ding Chunqiu, Murong Bo y Xiao Yuanshan en orden. Cada persona puede ingresar una vez a la Mazmorra del Desafío de la Montaña Shaoshi: los jugadores que hayan completado las 80 misiones de la trama de la Montaña Shaoshi pueden formar un equipo de 3 o más personas para ingresar a la mazmorra en Zhu Danchen en Dali (75, 95) para desafiar a Mao Mozhi, Zhuang Juxian, Murong Fu y Ding. Hay 4 BOSS en Chunqiu. Además de recibir generosas recompensas, también tendrás la oportunidad de obtener valiosos accesorios y accesorios como la montura voladora: Golden Winged. Dragon Beast. Killing Ding Chunqiu puede obtener puntos de actividad altos solo una vez al día. Shaolin es famoso por sus setenta y dos acrobacias, que son famosas en todo el mundo. 40 pueden formar un equipo de 3 o más para ir a Dali (130, 131) El templo de Huamu participa en las actividades de arreglos de flores y árboles. Hay arreglos de madera ensangrentados en el templo, incluidos "rojos", "azules". "verde", "púrpura", "rosa", "negro" y "blanco", ocho colores "dorados" Para adquirir buenas prácticas y experiencia en la formación, debes derrotar a las personas de madera del mismo color. tanto como sea posible Después de romper con éxito la formación, regrese al Templo Dali (130, 131) Huasheng para devolver la tarea y obtener una gran experiencia y recompensas de títulos. 下篇: Materiales de composición de Bacon