¿Cómo comprobar qué software se utiliza para cifrar el código php?

Lo que quiere preguntar debería ser el cifrado del código fuente PHP, ¿verdad?

No es fácil saber qué software se utiliza para el cifrado, porque este tipo de cifrado es reversible y el algoritmo de cifrado y el software de cifrado generalmente no se divulgan.

Básicamente no existe una buena manera. La única forma es invertir manualmente el algoritmo.

Además, para recordarles a todos la respuesta anterior: MD5 es un algoritmo irreversible y no se puede usar para cifrar el código fuente PHP. Solo se puede usar como máximo para realizar pruebas.