¿Qué significa [^>] en las expresiones regulares de PHP?

Este es el llamado complemento: use el carácter ^ entre el corchete izquierdo y el primer carácter. Por ejemplo, la expresión regular [^269A-Z] coincidirá con todo excepto 2, 6, 9 y. Cualquier carácter que no sean letras mayúsculas.

El tuyo es coincidir con cualquier carácter excepto >.