Principios de la secuenciación del genoma de alto rendimiento
El protocolo de secuenciación se basa en el método de secuenciación didesoxi (Sanger et al.). Para realizar la secuenciación de extremos pares de cada inserto clonado, se deben proporcionar dos placas de reacción de secuenciación de ciclo de 384 pocillos por placa de ADN plantilla de plásmido. .
Las reacciones de secuenciación se realizaron utilizando BigDyeTerminatorchemistry versión 3.1 (AppliedBiosystems) y el estándar M13 o cebadores directos e inversos de uso común. Las reacciones de secuenciación se configuraron mediante una estación de trabajo de pipeteo BiomekFX (Beckman).
El brazo robótico se encarga de tomar alícuotas de la muestra plantilla y mezclarla con la solución de reacción, que contiene didesoxinucleótidos, nucleótidos marcados fluorescentemente, TaqDNA polimerasa, cebadores de secuencia y tampones.
Las plantillas y las placas de reacción tienen códigos de barras y se rastrean mediante un lector de códigos de barras en la estación de pipeteo BiomekFX para garantizar una transferencia sin errores de plantillas y soluciones de reacción.
Información ampliada:
Desarrollo tecnológico:
La base de datos de secuencias del genoma de alto rendimiento está disponible desde 2005. 454LifeSciences (adquirida formalmente por Roche en 2007) lanzó la plataforma de pirosecuenciación 454FLX.
Applied BioSystems (ABI) lanzó el analizador de ADN 3730xl y la empresa que alguna vez tuvo la mayor participación del mercado de secuenciación comenzó a tambalearse.
Debido a que su producto estrella, las máquinas de secuenciación por electroforesis de matriz capilar (máquinas de secuenciación de electroforesis de matriz capilar en serie), se ha encontrado con dos fuertes competidores, uno de los cuales es el secuenciador 454 de Roche (secuenciador Roch GSFLX).
La otra es la plataforma de análisis del genoma Solexa (plataforma GenomeAnalyzer) lanzada por Illumina en 2006, y ABI lanzó su secuenciador SOLiD desarrollado de forma independiente (ABISOLiDsequencer) en 2007. Estas tres plataformas de secuenciación son representantes de las plataformas de secuenciación de alto rendimiento actuales.
Enciclopedia Baidu: secuenciación de alto rendimiento del genoma