¿Quién sabe cómo analizar el archivo de salida de MOPAC?

MOPAC

MOPAC es el programa de cuantificación semiempírico más utilizado del mundo

MOPAC es el programa de cuantificación semiempírico más utilizado del mundo para la investigación Propiedades químicas de gases, soluciones y sólidos, incluyendo energía libre de Gibbs, energía de activación, caminos de reacción, momentos dipolares, propiedades ópticas no lineales y espectroscopia infrarroja, etc. También se puede utilizar como base para la cuantificación de propiedades estructurales (o actividad) para predecir propiedades biológicas y de otro tipo, incluida la carcinogenicidad, la presión de vapor, la solubilidad en agua, la velocidad de reacción, etc. El algoritmo MOZYME patentado en MOPAC permite realizar cálculos que tardarían días o semanas en una supercomputadora y solo unos minutos en una PC. Para sistemas que contienen miles de átomos, como proteínas, polímeros, semiconductores y cristales, los cálculos de sus propiedades electrónicas toman sólo minutos u horas.

Además, MOPAC también incluye el módulo de programa orbital molecular semiempírico MOS-F (versión actual 5.0) para cálculos espectrales. MOPAC y MOS-F no incluyen en sí mismos una interfaz gráfica de usuario, pero se pueden utilizar junto con programas de interfaz gráfica de usuario como CAChe, LinMOPAC, WinMOPAC, HyperChem o CS Chem3D.

MOPAC se lanzó anteriormente como software gratuito, siendo la versión más alta MOPAC 7.0. Más tarde se convirtió en software comercial. La versión actual es MOPAC 2006.

Funciones básicas:

1. Los métodos de cálculo son: en MOPAC: AM1, AM1-d, PM3, MNDO, MNDO-d, MINDO/3 Entre ellos; : CNDO/2, CNDO/S, CNDO/S2, CNDO/S3, INDO/S.

Átomos aplicables:

MINDO/3 (H, B, C, N, O, F, Si, P, S, Cl);

MNDO (1977) (H, Li, Be, B, C, N, O, F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, K, Ca, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br, Rb, Sr, Cd, In, Sn, Sb, Te, I, Cs, Ba, Hg, Tl, Pb, Bi, S, Cb);

AM1 (H, Li, Be, B, C, N, O, F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, K, Ca, V, Fe, Cu, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br, Rb, Sr, Mo, Pd, Ag, Cd, In, Sn, Sb, Te, I, Cs, Ba, Pt, Hg, Tl, Pb, Bi, Si, S, Cb);

PM3 (1985) (H , Li, Be, B, C, N, O, F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, K, Ca, Ti, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br, Rb, Sr , Cd, In, Sn, Sb, Te, I, Cs, Ba, Hg, Tl, Pb, Bi, Cb);

PM5 (H, Li, Be, B, C, N, O , F, Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, K, Ca, Zn, Ga, Ge, As, Se, Br, Rb, Sr, Cd, In, Sn, Sb, Te, I, Cs , Ba, Hg, Tl, Pb, Bi);

mndo_d (Na, Mg, Al, Si, P, S, Cl, Zn, Br, Cd, I, Hg).

2. Los cálculos que se pueden realizar incluyen: optimización geométrica, estructura de estados de transición, estructura de estados excitados, cálculo de SCF proporcional lineal (método MOZYME), diagrama de energía de coordenadas de reacción, calor de generación (fase gaseosa o solución). ), análisis de vibración en modo simple, propiedades del disolvente (fase de vapor, agua, octanol, etc.), espectroscopia IR, cargas atómicas, polarizabilidad, momentos dipolares, orbitales moleculares, densidad electrónica, norma de gradiente, fuerzas, distribución de energía, cargas atómicas ESP, Secuencia de enlaces, potencial electrostático molecular paramétrico, estructura cruzada entre sistemas, análisis estructural del orden de fragmentos de aminoácidos, IRC/DRC.

3. Formatos de archivos de entrada admitidos: MOPAC, MOS-F, archivo de entrada gaussiano (*.gjf), archivo fchk gaussiano (*.fch), archivo cartesiano (*.car), PDB.

4. La herramienta XMO puede mostrar moléculas.

MOS-F

1. Realizar cálculos utilizando el método semiempírico de orbitales moleculares INDO/S, CNDO/S, CNDO/S2, CNDO/S3, CNDO/2, etc. .

2. Cálculo espectral de interacción de configuración excitada de un solo electrón (CIS), soportando estados excitados singlete y estados excitados triplete. CIS también puede calcular la densidad de electrones en estado excitado y el momento dipolar eléctrico.

3. Cálculo del espectro de aproximación de fase aleatoria (RPA).

4. Cálculo de propiedades moleculares: polarizabilidad que contiene frecuencia, primera hiperpolarización estática, efecto Pockel electroóptico, generación de segundo armónico, detección óptica, segunda tasa de hiperpolarización estática, campo eléctrico de CC incluido el efecto Kerr, electricidad de CC. campo que incluye el segundo armónico, generación del tercer armónico, mezcla degenerada de cuatro ondas, campo eléctrico de CC que incluye detección óptica.

5. Utilice el modelo de Onsager para realizar cálculos SCRF para predecir propiedades moleculares en solución: el espectro electrónico de la función de onda CIS/RPA utilice la función de onda CIS para predecir la densidad de electrones y el momento dipolar eléctrico de; el estado excitado; use CIS La función de onda calcula la polarizabilidad que contiene la frecuencia, la primera hiperpolarización y la segunda hiperpolarización.

6. Fórmulas analíticas de Pariser-Parr, Nishimoto-Mataga, Nishimoto-Mataga-Weiss, Ohno, Ohno-Klopman y DasGupta-Huzinaga para la resolución de integrales de repulsión de electrones de dos centros.

7. Los formatos de entrada de coordenadas admitidos son la matriz Gaussiana Z y las coordenadas internas MOPAC.

8. A la interfaz de entrada/salida de WinMOPAC.

9. Para solutos, el radio del agujero se calcula automáticamente; especificando el nombre del disolvente, la constante dieléctrica y el índice de refracción se configuran automáticamente.

10. Método DIIS para mejorar la convergencia SCF.

11. Constante de rotación, el ángulo entre el eje principal de inercia y el momento dipolar.

Nuevas características de MOPAC2002 V1.5 y WinMOPAC 3.9:

1. MINDO, AM1, PM3, PM5 han agregado soporte para 13 metales de transición (Sc, Ti, V, Cr). , Fe,Co,Ni,Cu,Zr,Mo,Pd,Ag,Pt).

2. El módulo MOS-F se actualiza a 6.0. Los espectros electrónicos se pueden calcular utilizando AM1, PM3 y PM5, admitiendo más elementos; considerando la influencia de los solventes; calculando el método de polarización e hiperpolarización directa SCF;

3. El método COSMO de escala lineal puede realizar cálculos COSMO en macromoléculas.

Nuevas características de MOPAC2006 1.0:

Módulo MOS-F: ROHF + CIS calcula estados excitados de moléculas de capa abierta, QM/MM-CIS/RPA calcula estados excitados de macromoléculas biológicas. INDO/S agrega soporte para Li, F, Mg, Si, P, S, Zn y LAPACK mejora la velocidad de los cálculos de diagonalización de matrices.

Módulo MOPAC: Punto único, optimización geométrica, frecuencia de vibración e implementación COSMO de condiciones de contorno periódicas y paralelas.

Plataforma operativa: Unix/Linux/Windows

Mopac 2002 (programa general semiempírico de mecánica cuántica)

URL /mopac/index.shtml

Autor CAChe Group, Fujitsu

PropósitoMOPAC es un paquete de mecánica cuántica semiempírica de uso general para el estudio de propiedades y reacciones químicas en gas, solución o estado sólido. MOPAC predice directamente numerosas sustancias químicas y físicas. propiedades como energías libres de Gibbs, energías de activación, trayectorias de reacción, momentos dipolares, propiedades ópticas no lineales y espectros infrarrojos. También se utiliza como base de relaciones cuantitativas estructura-propiedad (o actividad) (QSAR), para predecir una amplia gama. variedad de propiedades biológicas y de otro tipo, como carcinogenicidad, presión de vapor, solubilidad en agua y velocidades de reacción.

Macromoléculas: MOZYME de escala lineal, patentado y muy rápido, optimiza las proteínas y el ADN.

Materiales. : orbitales d, cristales, geometría en campos eléctricos, NLO, límites periódicos 2D/3D

Polímeros: estructuras de bandas, espectros de fonones, módulo de Young, resistencia a la tracción

Tintes: espectros UV predicción, cruce entre sistemas, estados excitados en solución

Síntesis: termodinámica, cinética, estados de transición, vías de reacción, solvatación, catálisis

MOPAC incluye los hamiltonianos semiempíricos MNDO, MINDO/3, AM1, PM3, MNDO-d y PM5. Estos métodos se han calibrado utilizando datos experimentales para propiedades termodinámicas, como los calores de formación, que están disponibles para los siguientes metales: Ti, V, Fe, Cu, Mo, Pd. , Ag y Pt.

Enlace de instrucciones

/mopac/Mopac2002manual/index.html

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