¿Cuál es la diferencia entre programar en Windows y programar en Linux?

El núcleo de la programación en Windows es utilizar el mecanismo de Windows para programar. Y hay API proporcionadas por MS que se pueden utilizar. La sintaxis de ASCII C no es del todo válida.

Programar en Linux en realidad no es muy diferente de programar en Unix. Básicamente es programación ASCII C. Además, el mecanismo de ejecución de programas del sistema operativo también es diferente. Ésta es la clave.