Problema al ejecutar múltiples sentencias SQL en el script de shell

No comprendes el concepto de redirección de entrada. En su código anterior, mysql -uDDAP -p$2 está incluido en el rango de redirección de entrada, por lo que no se le pedirá que ingrese su contraseña.

Tus $1 y $2 tampoco están definidos. Puedes consultar el siguiente método de escritura:

#!/bin/sh

read -p "por favor. ingrese la contraseña de root" pwd

mysql -uroot -p$pwd << EOF

\. /usr/src/DDAP-1.CreateUser.SQL

\. /usr /src/DDAP-2.CreateDatabase.SQL

\ /usr/src/DDAP-3.CreateTable.SQL

\. -4.CreateProcedureAndFunction .SQL

\ /usr/src/DDAP-5.CreateData.SQL

EOF