vb forma correcta de escribir

Si Form9.Check1(6).Value = 1 Entonces mi(6) <> si(12)

Si quieres que mi(6) no sea igual a si( 12), Simplemente asigne un valor a mi(6) que no sea igual a si(12). Por ejemplo, si(12) está lejos de ser igual a 0, así que escríbalo como

If Form9. Check1(6).Value = 1 Entonces mi(6) = 0

No entiendo de qué estás hablando, publica el código completo y echa un vistazo