Instrucciones de uso de Snakemake

Snakemake es una herramienta para escribir procesos de tareas, escrita en Python, por lo que los scripts para sus procesos de ejecución son relativamente fáciles de comprender y entender.

Existen varias formas de instalar Snakemake. Se recomienda oficialmente usar conda para instalar Snakemake. El método de instalación es el siguiente:

conda install -c bioconda Snakemake

Aunque Snakemake se usa ampliamente para escribir procesos en bioinformática, es uso No se limita a procesos de escritura en bioinformática. A continuación se muestra un ejemplo sencillo de combinación de archivos para comenzar a introducir el uso sencillo de Snakemake.

En el script Snakefile anterior, regla, entrada, salida, shell y expandir son todas palabras clave o comandos de Snakemake. Al mismo tiempo, cada regla en Snakefile puede considerarse como un script de shell simple, que organiza múltiples reglas en Snakefile y las ejecuta en el orden que definimos. Además, el archivo de resultados de salida puede ser un archivo creado automáticamente en un directorio que no existe.

Las reglas son la parte principal del archivo Snake. Como se menciona en el ejemplo anterior, cada regla define un paso en una serie de canalizaciones. Cada regla se puede procesar como un script de shell y generalmente consta de tres partes: entrada, salida y shell. Hay algunos usos que no se enumeran anteriormente:

Puede resultar tedioso reescribir el Snakefile para cada cálculo, por lo que podemos escribir estos cambios en el archivo de configuración y, cuando utilicemos el mismo proceso, el archivo de entrada El nombre del archivo se escribe en el archivo de configuración, que luego se lee a través del Snakefile.

Los archivos de configuración vienen en dos formatos: json y yaml. El método para leer el archivo de configuración en Snakefile es el siguiente:

El contenido del archivo de configuración se llama directamente en el comando de shell sin comillas, por ejemplo, use config[a] en lugar de config[ "a"].

Configuración informática del clúster

En términos generales, después de escribir todos los parámetros en el Snakefile, puede ejecutar directamente el comando Snakemake desde la ruta donde se encuentra el Snakefile para comenzar a ejecutar la tarea del proceso. Algunos parámetros comunes:

Ver: documentación oficial de Snakemake.