Código fuente de Tbtools
El mapa a continuación
En general, es posible que este amigo no crea en el resultado de TBtools, pero hace mucho que estoy acostumbrado, así que no tengo mal genio ( de hecho, no lo uses si no lo crees)).
GSDS es una herramienta de sitio web muy antigua con funciones potentes y muy adecuada para mostrar la estructura genética. Admiro al autor de este sitio web y al equipo que lo mantiene. Cuando entré por primera vez en contacto con datos bioinformáticos, también ayudé a un hermano a localizar el sitio web de GSDS.
Esta es una operación relativamente tediosa o complicada, principalmente la configuración del entorno del sistema, etc. Pero en cualquier caso, la localización de este sitio web es necesaria porque este GSDS es para usuarios de Internet de todo el mundo, por lo que la carga es un problema. Esto es lo mismo que algunas plataformas en la nube. Si no hay ningún cobro u otras formas de realizarlo, entonces es difícil mantener el bienestar público puro. Por supuesto, hay otra manera, que es actuar dentro de sus capacidades. Puedes hacer obras de caridad, pero debe estar dentro de tus capacidades. Por lo tanto, la mayoría de los sitios web de servicios web impondrán ciertas restricciones a la entrada del usuario. GSDS tiene ciertas limitaciones en cuanto a la cantidad de genes o el tamaño del archivo. Más allá de este límite, los usuarios deben localizar uno ellos mismos. De hecho, creo que no es fácil para el equipo mantener este servicio web hasta ahora.
No fue hasta más tarde que vi que había hermanas en el grupo de investigación que necesitaban visualizar la estructura genética. Parece que esto no es complicado, así que escribí una función de visualización de la estructura genética usando TBtools (el código Java puro se implementó desde cero y no tiene nada que ver con GSDS). Ciertamente no esperaba que un subconjunto de usuarios estuviera allí tan pronto. El aumento de usuarios sumado al uso activo de los grupos de comunicación.
Creo que, a juzgar por los comentarios de los usuarios, esta herramienta es actualmente muy sólida y sus funciones parecen relativamente completas.
La verdad es que no entendí la pregunta que me planteó este amigo. Posteriormente, brindó información adicional.
Aún no lo entiendo, pero en realidad pienso:
Aquí están los hechos
La pregunta es bastante simple. Ingresó el mismo archivo gff en GSDS y TBtools y obtuvo resultados diferentes:
Entonces el problema es que no hay UTR en el archivo proporcionado por el usuario.
Pero esta es la integración de algunas de mis ideas personales durante el desarrollo de TBtools.
Aunque he utilizado GSDS, no he estudiado el código fuente. De hecho, rara vez leo el código fuente de otras personas porque realmente no puedo entenderlo. Esa experiencia me enseñó que si escribiera una herramienta, consideraría otras situaciones relativamente comunes:
Hay muchas más. TBtools ciertamente admite la visualización de la estructura genética de secuencias no codificantes, y eso es solo exones.
En términos generales, se utiliza una imagen para ilustrar algunas características de TBtools en la visualización de la estructura genética.
Tenga en cuenta que los gráficos pueden ser interactivos. Puede procesar rápidamente por lotes:
1. Modificar color
Modificar fuente
Modificar rol
Cuatro.....
Me tomó media hora escribir un tweet. En términos generales, ninguna herramienta es perfecta, pero algunas están vivas.