Paquete de software R VennDiagram para dibujo de diagramas de Venn y extracción de elementos de intersección
Un diagrama de Venn es uno de los gráficos estadísticos comúnmente utilizados para mostrar el número (o proporción) de elementos **** (o únicos) en muestras (o subgrupos).
Por ejemplo, el propósito más directo de RNA-seq es principalmente identificar genes expresados diferencialmente. Cuando un experimento involucra múltiples subgrupos, a menudo es necesario mostrar el número de genes expresados diferencialmente entre múltiples grupos***, que es para lo que sirve un diagrama de Venn. Por ejemplo, a continuación se muestra el método para los lncRNA expresados diferencialmente en tejidos vegetales en respuesta a 7 días de deficiencia de nitrógeno (-N_7d), 7 días de deficiencia de fósforo (-Pi_7d) y estrés salino (d), estrés por frío (e), o estrés por sequía (f).
Generalmente se menciona en la literatura que estos diagramas de Venn generalmente se completan con algunos paquetes de software R (como VennDiagram).
En este tutorial, déjame explicarte cómo dibujar un diagrama de Venn y calcular la intersección de grupos de elementos usando el paquete R VennDiagram.
Primero prepárate para ingresar datos. Dado que la expectativa es comparar grupos con/sin elementos, puede extraer los elementos contenidos en cada grupo y pegarlos en una nueva lista.
Como se muestra en el siguiente ejemplo, un *** contiene 4 subgrupos, es decir, grupos 1-4. A continuación se muestran los nombres de los elementos contenidos en cada grupo. No importa si las columnas no tienen la misma longitud, no importa si hay valores duplicados en las columnas, porque las lecturas posteriores de R identificarán y eliminarán automáticamente los valores nulos o duplicados.
A continuación, lea el archivo en R y dibuje el diagrama de Venn.
La función venn.diagram() en el paquete VennDiagram puede calcular y dibujar automáticamente diagramas de Venn directamente a partir de datos sin procesar.
Genere la imagen "venn2.png" en la ruta de trabajo, ábrala y se dibujará el diagrama de Venn.
Aquí hay dos conjuntos de comparaciones, luego cuatro.
De manera similar, la ruta de trabajo genera la imagen "venn4.png" y al abrirla hay un diagrama de Venn.
La operación anterior leerá automáticamente los datos originales y calculará el estado de intersección entre grupos, obtendrá la información de cantidad de los elementos **** y luego dibujará un diagrama de Venn, todas las operaciones se completan de una vez.
Pero ¿qué sucede si desea obtener exactamente qué contienen los elementos de intersección entre grupos y generar los nombres de esos elementos de intersección?
La función get.venn.parts() en el paquete VennDiagram hace esto; vea el ejemplo a continuación.
El archivo de salida "venn4_inter.txt" en la ruta de trabajo se puede abrir en Excel.
grupo1-4, VERDADERO indica elementos que aparecen en el grupo, FALSO indica elementos que no aparecen.
recuento es el número de elementos de intersección, valores es el nombre de los elementos de intersección.