Introducción al lenguaje WDL
Actualmente, Cromwell es el único motor de ejecución con todas las funciones que admite WDL. Cromwell es un sistema de gestión de flujo de trabajo para flujos de trabajo científicos. Es un software de código abierto basado en el certificado de licencia BSD de 3 cláusulas y admite la ejecución de WDL en tres plataformas: máquina local, clúster local (como PBS, Slurm) al que se accede a través del programador de trabajos y * * plataforma en la nube (como Google Cloud o Amazon). AWS).
Cromwell lleva el nombre del actor estadounidense James Cromwell. Es protagonista de grandes películas como “Baby” y “Star Trek: First Contact”, por lo que su mascota es “Transformer Jamie”.
Con WDL, puede ejecutar exactamente los mismos scripts en clústeres locales y nubes públicas, independientemente del entorno informático.
La estructura central del script WDL incluye cinco componentes básicos: flujo de trabajo, tarea, llamada, comando y salida.
El flujo de trabajo es un marco que describe todo el proceso y en el flujo de trabajo se llaman diferentes tareas.
Una tarea contiene toda la información necesaria para "hacer algo" y está rodeada por un comando que contiene definiciones de archivos y parámetros de entrada, así como información de salida.
* *Por ejemplo, el proceso de comparación bwa utiliza codificación WDL* *
Las entradas son referencia, lectura1 y lectura2.
La salida es un archivo bam y un archivo de índice bam.
El comando es
El archivo de nivel superior es el flujo de trabajo, que llama a esta tarea.
Después de aclarar el contenido del proceso, completaremos juntos la codificación del proceso.
** contenido de la tarea bwa.wdl**
**contenido del flujo de trabajo mapping.workflow.wdl* *
Usar la verificación de sintaxis de womtool
Utilice womtool para generar inputs.json y completar los archivos y cadenas de entrada.
Usar Cromwell para ejecutar el proceso
WDL puede hacer que el ensamblaje de nuestro proceso sea más conveniente.
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