¿Existe algún paquete de software que implemente directamente el algoritmo del árbol de decisión c4.5 en el software weka?
Sí, weka es de código abierto. La implementación de c4.5 en weka es j48 y la ruta aproximada es la siguiente: weka.classifiers.trees.j48
Puede importar el weka.jar completo como una biblioteca externa a un entorno de desarrollo como Como Eclipse, así Es muy conveniente ver el código fuente o usar la API de Weka para el desarrollo secundario.
Weka.jar se puede importar a Eclipse como una biblioteca externa.