¿De dónde viene la etiqueta #app del nuevo proyecto de Vue?

Es generado automáticamente por vue.

# es el modo hash de vue. Este es el método predeterminado. La etiqueta #app se genera automáticamente al crear un nuevo proyecto.

Vue es un marco de JavaScript para crear interfaces de usuario. Está construido sobre la base de HTML, CSS y JavaScript estándar, y proporciona un modelo de programación declarativo y basado en componentes para ayudar a los desarrolladores a desarrollar interfaces de usuario de manera eficiente.