¿Cuál es tu color favorito? Esta frase es: ¿Cuál es tu color favorito? Ya que le preguntamos "usted", ¿por qué usamos su en lugar de usted?

Porque tú significa "tú". Este es un sustantivo. Y "tu" es un pronombre personal, que significa "tu".

Esta frase significa: ¿De qué color es tu color favorito? Sólo por el uso de terminología, se abreviará a "el color que te guste".

Espero que esto pueda ayudarte~