¿Existe un paquete en R similar al algoritmo IBK en WEKA?

Sí, weka es de código abierto. Recuerdo que la versión que usé tenía un weka.jar en la carpeta bin del directorio de instalación y, después de la descompresión, obtuve el código fuente. c4.5 en la implementación de weka es j48, y la ruta aproximada es la siguiente: weka.classifiers.trees.j48

Puede importar el weka.jar completo como una biblioteca externa a un entorno de desarrollo como Eclipse. Y verlo así. Es muy conveniente usar el código fuente o usar la API de Weka para el desarrollo secundario.

Weka.jar se puede importar a Eclipse como una biblioteca externa.