Salida multiproceso de Python

Esta situación es normal. Los subprocesos propios de Python no son seguros y no son compatibles con PyQt. Ya que está utilizando PyQt, ¿por qué no intenta utilizar la clase de subprocesos propia de Qt, QThread? Luego, según las propias características de Qt, cuando el hilo principal está cerrado, el hilo secundario puede salir de forma segura y su situación actual no ocurrirá.