VB hace clic en la página web para que aparezca un cuadro de alerta o advertencia

Los scripts JavaScript tienen un mecanismo que permite que las asignaciones posteriores reemplacen las declaraciones anteriores.

Puedes ejecutar la función de código CloseSN(){top.location.reload();} en el control WebBrowser de VB después de cargar la página. , De esta manera puedes sobrescribir el script original

Por ejemplo:

WebBrowser1.Document.parentWindow.execScript "function CloseSN(){top.location.reload();}"