Instalación y uso de RepeatModeler2.0
El primer paso en la anotación del genoma es enmascarar secuencias repetitivas. La canalización de anotaciones de novo que se utiliza comúnmente actualmente es repetirmodeler repetirmasker.
Las herramientas de dependencia de RepeatModeler se pueden instalar a través de conda o manualmente. Se recomienda utilizar conda.
1. Repita la máscara, TRF, RMB y finalmente
Antes de instalar oficialmente el programa principal de RepeatModeler, sus herramientas dependientes deben configurarse con anticipación.
Ver el artículo anterior (Instalación y uso de RepeatMasker) (/p /p/ffdbedae80fa).
2.RECON (el componente principal que implementa la función de predicción ab initio)
3.RepeatScout (el componente principal que implementa la función de predicción ab initio)
4. Se requiere software opcional para ejecutar búsquedas de estructuras LTR o no está instalado.
LtrHarvest (es parte de la suite GenomeTools, simplemente instale genometools).
Maft
Ltr_retriever, puede usarlo después de la descompresión.
CD-HIT y Ninja, simplemente descomprime y compila.
5. Repetir modelado
Después de configurar las herramientas anteriores, el código fuente compila RepeatModeler, que es similar al proceso de instalación de RepeatMasker. Debe especificar el entorno de dependencia paso a paso. paso.
Después de "./configure", siga las instrucciones paso a paso.
El primero es el entorno Perl. Se recomienda utilizar Perl en el entorno /usr/bin, es decir, System Perl. Siempre tengo problemas después de usar Perl con Conda. Regrese al auto y continúe.
De forma predeterminada, la ruta de instalación de RepeatModeler se especificará automáticamente. Presione Enter para continuar.
Especifique la ruta de instalación de RepeatMasker y presione Intro para continuar.
Especifique la ruta de instalación de RECON y presione Enter para continuar.
Especifique la ruta de instalación de RepeatScout y presione Intro para continuar.
Especifique la ruta de instalación de NSEG y presione Intro para continuar.
Especifique la ruta de instalación de TRF (esto también es necesario para la instalación de RepeatMasker) y luego presione Intro para continuar.
El último es el motor de búsqueda de secuencias (también es necesario instalar RepeatMasker. Por ejemplo, aquí elegimos 2, especificamos la ruta donde se encuentra el programa principal RMBlast, presionamos Enter para volver al principal). interfaz, y luego elija 3, y listo.
También puede seleccionar 3 después de especificar varios motores de búsqueda de secuencias, pero en la operación real, solo se puede seleccionar un método de comparación de secuencias a la vez.
En este momento aparecerá un mensaje:
Esta versión de RepeatModeler puede detectar la estructura de LTR, ya sea configurada o no, puede elegir según sus necesidades. Si es necesario, presione la tecla y y luego seleccione la ruta de acuerdo con las indicaciones para completar la configuración.
Esto completa la instalación de RepeatModeler.
Finalmente agregue unas series de entornos y finalmente configure las variables de entorno.
Ejemplo de uso:
Los resultados posteriores son similares a RepeatModeler1.0.
¡Os deseo a todos mucha suerte con vuestra investigación científica! ! !