Análisis unicelular Seurat código universal-02
Nos vemos en el futuro en seurat: /satijalab/seurat/blob/master/R/utilities.R
Si las celdas son demasiado denso, hay superposición, puedes configurar la transparencia, normalmente la configuro en alfa. USE está establecido en 0,8 o 0,9
En términos generales, el esquema de color que suelo utilizar es c("gris claro", "rojo") o c("gris claro", "azul")
Para comparar las diferencias en la expresión genética entre células, generalmente se usan diferentes esquemas de color;
Utilice la paleta viridis
Los esquemas de color a los que puede consultar son
A menudo utilizamos FeaturePlot() y genes de características pequeñas (3-5 genes) para ayudar a identificar tipos de células, lo que también está documentado en la literatura (/articles/s42003-020-0922-4/figures/1)
El algoritmo de AddModuleScore() es diferente del método anterior para calcular la media del genoma, y el código fuente se analizará en detalle más adelante.
AddModuleScore() es una función que viene con el paquete de software Seurat. Necesita calcular el valor promedio de todos los genes en el conjunto de genes y luego cortar la matriz de expresión en varias partes según el valor promedio. y luego seleccionar de cada parte cortada genes de control (genes fuera del conjunto de genes) se seleccionaron aleatoriamente como valores de fondo. Por lo tanto, cuando se integran diferentes muestras, incluso si la misma célula se califica usando el mismo genoma, se producirán diferentes puntajes de enriquecimiento;
Cuando la característica de DotPlot es una lista, hay El espaciado lo hace más fácil para comparar las diferencias en genes marcadores de diferentes tipos de células, y el efecto de visualización es mejor;
Calcular la proporción de células que expresan un determinado gen Función para calcular la proporción de células que expresan un determinado gen, en /. satijalab/seurat/issues /371, el usuario proporcionó una función personalizada de la siguiente manera:
De manera similar, también se puede calcular el porcentaje del clúster