¿Cuál es el mejor método para ejecutar la electroforesis de ARN?
La electroforesis es una técnica de laboratorio comúnmente utilizada para identificar, cuantificar y purificar fragmentos de ácidos nucleicos y evaluar su calidad. Las moléculas de ARN están cargadas negativamente y se mueven hacia el electrodo positivo durante la electroforesis en gel.
La longitud del ARN suele determinar su migración en el gel, siendo los fragmentos de ARN largos moviéndose más lentamente que los fragmentos cortos. Sin embargo, las moléculas de ARN tienen una estructura secundaria extensa a través del emparejamiento de bases intramoleculares, lo que puede afectar su migración en gel. Para la mayoría de las aplicaciones, la electroforesis de ARN se realiza utilizando condiciones desnaturalizantes para alterar la estructura secundaria. Para aplicaciones que resuelven diferentes conformaciones de ARN, se recomienda utilizar geles nativos (o no desnaturalizantes). ?
Electroforesis de ARN no desnaturalizante
La electroforesis en gel de ARN en condiciones no desnaturalizantes preserva la estructura secundaria de la molécula de ARN. Generalmente se prefiere la agarosa a la acrilamida porque es menos tóxica y más fácil de manejar en concentraciones que pueden aislar moléculas típicas de ARN. Ofrecemos reactivos convenientes para la electroforesis en gel de agarosa no desnaturalizante, incluidos convenientes geles de agarosa E-Gel® prefabricados y reactivos UltraPure® para sus propios geles. ?
Productos de electroforesis de ARN no desnaturalizantes:
E-Gel?Sistema de electroforesis en gel de agarosa prefabricado
Escaleras de ARN
¿Agarosa ultrapura y reactivos?
Electroforesis de ARN de Thermo Scientific
Electroforesis de ARN desnaturalizante
Para determinar con precisión el peso molecular de los fragmentos de ARN, la electroforesis en gel de ARN utilizando condiciones desnaturalizantes es vital. Dado que la transferencia Northern se utiliza a menudo para caracterizar moléculas de ARN en función de su tamaño, a menudo se realiza una electroforesis desnaturalizante antes del análisis de ARN mediante transferencia Northern. Las condiciones desnaturalizantes rompen los enlaces de hidrógeno, lo que permite que el ARN se electrófore como una molécula monocatenaria sin estructura secundaria. Hay muchas opciones para reactivos desnaturalizantes, incluidos glioxal, formamida y metilmercurio. La desventaja de estos compuestos es que son tóxicos y deben manipularse con precaución.
Tradicionalmente, el formaldehído se ha utilizado como reactivo desnaturalizante para la electroforesis de ARN. El kit NorthernMax® contiene un conjunto completo de reactivos libres de RNasa para electroforesis en gel de agarosa con formaldehído. Estos geles deben manipularse en campana extractora. Con el kit NorthernMax?-Gly, las muestras de ARN deben desnaturalizarse en un tampón de carga de glioxal/DMSO antes de la electroforesis y luego someterse a electroforesis en un gel de agarosa sin formaldehído.
Hay disponibles una variedad de estándares de peso molecular de ARN para estimar con precisión el tamaño molecular del ARN, incluidos los marcadores Millennium®.