Usando el temporizador 0 del microcontrolador, hice una onda cuadrada 1S muy simple con un ciclo de trabajo de 50. La forma de onda probada con un osciloscopio no es una onda cuadrada estándar. Descubra por qué.

1S y 1ms son 1000 veces diferentes. La forma de onda que mostraste no puede explicar el problema.

Existe una posibilidad: si colocas 1/1000 de tu gráfico en el flanco ascendente, debe ser una onda cuadrada.

Usé tu dibujo y lo dibujé a escala. La parte en el cuadro rojo debe mostrar que es una onda cuadrada.