Pokémon: El despertar de Mewtwo, la trama de la película Speedy Genesect
La Legión Genesect llegó al lugar en lo profundo de las montañas nevadas que una vez fue su ciudad natal. Sin embargo, han pasado tres millones de años y la zona ya no es apta para la colonización. De repente, llega una avalancha y aparece Mewtwo y salva a cuatro de los cinco Genesects. Mewtwo miró fijamente a Genesect que sostenía el casete de la columna de agua y descubrió que este último estaba buscando su hogar. El Genesect rojo, que Mewtwo no pudo salvar, apareció de repente y atacó a Mewtwo, y luego el ejército de Genesect se fue. Vieron el contorno de una ciudad que emergía en el horizonte distante, la confundieron con su hogar y corrieron a Newt City.
Xiao Zhi y su grupo llegaron a Newt City, y su guía turístico Eric los llevó al Parque Natural-Villa Pokémon que aún no se ha abierto al público. Allí, Xiaozhi y su grupo rápidamente se hicieron amigos de Genesect del casete de columna de agua. En este momento, el Red Genesect y el Lightning Cassette Genesect aparecieron y pensaron que Ash estaba lastimando al Water Column Cassette Genesect, por lo que inmediatamente lanzaron un ataque y obligaron al amistoso Genesect a atacar juntos. Mewtwo siguió y protegió a Xiaozhi y su grupo, y Genesect luego se fue.
Esa noche, los Genesects comenzaron a invadir y tomar el control de Pokémon Manor, ahuyentando a todos los demás Pokémon para construir un capullo gigante y provocando un mal funcionamiento del sistema de energía de la ciudad. Xiaozhi, Alice y Eric inmediatamente se sumergieron en las profundidades para tratar de solucionar la falla. El intento fracasó y el grupo entró en Pokémon Hills y se encontró con el amigable Genesek. El Pokémon Paleozoico camina hacia un estanque donde flotan las flores de Orutas y explica que estas flores alguna vez florecieron en su tierra natal.
Resulta que los Genesects están construyendo su nuevo hogar en la villa. Un poderoso cocodrilo que originalmente vivía aquí atacó a Cocoon y al Red Genesect y fue derribado. Mewtwo apareció nuevamente para salvarlo. Después de intentar disuadirlos sin éxito, Mewtwo y Genesect se embarcaron en una persecución a alta velocidad por el centro de Newt City. Al mismo tiempo, los Pokémon que originalmente vivían en las colinas fueron a la guerra con el Genesect of Fire, Freeze y Lightning, y el Genesect Rojo se vio obligado a regresar en busca de refuerzos. El amistoso Genesect bloqueó los ataques de otros Genesects para Ash y se desmayó. Mewtwo luchó simultáneamente contra los cuatro Genesects restantes y tomó ventaja, pero en el proceso el capullo estalló en llamas.
El simpático Genesect se despertó entonces e intentó apagar las llamas. El resto de los Pokémon también actuaron juntos, mientras protegían a los cuatro Genesect restantes del fuego. En ese momento, los Genesects finalmente se dieron cuenta de que los otros Pokémon no eran enemigos y rescataron a Ash de debajo de la viga que colapsaba. La batalla entre Mewtwo y Red Genesect continuó. El primero fue golpeado y cayó, pero luego fue rescatado por Ash. Cuando Mewtwo y Red Genesect atacaron de nuevo, Ash corrió hacia adelante y se paró entre los dos. En ese momento, los cuatro Genesects restantes dieron un paso adelante frente a Ash y le rogaron a su líder que se detuviera. Sin embargo, el Genesect rojo insistió en que eran sus enemigos y abrió fuego nuevamente. Mewtwo bloqueó el ataque y usó sus superpoderes para llevarlo al espacio. Mientras estaba impactado por la belleza de la tierra, Genesect el Rojo se dio cuenta de que todos los humanos y Pokémon eran sus amigos. Finalmente incapaces de sobrevivir en el espacio exterior, los dos comenzaron a caer rápidamente. Con los esfuerzos de los cuatro Genesect restantes y los Pokémon salvajes, atraparon a Mewtwo y Red Genesect con la ayuda de una gran bola de agua.
Bajo la luz de la mañana, Xiaozhi miró hacia el estanque a un lado. Al notar la Flor de Orutas en el agua, Ash recordó la foto de la Flor de Orutas que había visto en el Centro Pokémon. Eric llevó a un grupo de personas y a los Genesects al Parque de Alsacia (Parque Natural de Alsacia, temporalmente) donde se tomó la foto y donde crece naturalmente la flor de Orutas. Aquí los Genesects comenzaron una vez más a construir sus capullos. Mewtwo agradece a Ash por encontrar su hogar para los Genesects, evoluciona a un millón de Mewtwo Y y se va volando.