Carta número 7 para estudiantes de Things: conceptos básicos de Linux, programación de scripts de Shell

Siguiendo la trayectoria anterior, el siguiente paso es aprender los scripts de shell en Linux. Esto es muy, muy importante para que los ingenieros en bioinformática procesen posteriormente grandes cantidades de datos (masivo es más apropiado). Sin embargo, como persona algo anticuada, he estado estancado en lo que significa "guión" durante mucho tiempo. Principalmente, siento que es un poco abstracto, especialmente cuando discuto la parte del análisis del proyecto con mis colegas en Shengxin, a menudo dicen esta palabra. En sus mentes, este es un término que se explica por sí mismo, pero para los profanos (como yo). , es simplemente La despiadada "maldición del conocimiento". A menudo pretendo entender y luego continúo discutiendo los siguientes temas, formándome una vaga impresión.

La explicación de Baidu es: Un script es una extensión de un archivo por lotes y un programa guardado en texto plano. En términos generales, un programa de script de computadora es una serie determinada de controles que la computadora debe realizar. y acciones, en las que se pueden implementar determinadas ramas lógicas. No sé si podrás entenderlo, pero realmente no sabía mucho sobre eso cuando comencé.

La explicación de Niao Ge es: el script de shell es un "programa" escrito utilizando la función de shell. Este programa utiliza archivos de texto sin formato para combinar parte de la sintaxis y los comandos del shell (incluidos los comandos externos) escritos en él, combinados con. funciones como expresiones regulares, comandos de canalización y redirección de flujo de datos, para lograr el procesamiento que queremos. No sé qué tan grave es, y parece que lo entiendo aún más...

La explicación simple y cruda de Jude en lengua vernácula es: un script es una combinación de muchos comandos en Linux según ciertos reglas para lograr una función específica. Hay muchos comandos simples en Linux, que a menudo son solo conversaciones simples. Por ejemplo, cd ingresa a un directorio determinado, que es simple y directo. Pero, ¿qué pasa si quiero ingresar a un directorio A, luego crear el directorio B en el directorio A y luego crear el texto C en el directorio B? Por supuesto, puedes hacerlo paso a paso. Si quieres hacerlo bien en un solo paso, puedes usar un script para escribir los tres comandos juntos y ejecutarlos juntos. Parece un poco detallado...

O para entenderlo desde una perspectiva inglesa, el equivalente en inglés de script es Script, y el significado chino de esta palabra también significa script. El guión es fácil de entender El guión es una historia escrita por el director (bioingeniero) basándose en un tema determinado (objetivo a alcanzar) y según ciertas técnicas (reglas). No importa qué actor sea, debe actuar según el guión. Por lo tanto, aprender bien inglés también es útil para escribir cartas~

Según la complejidad del guión, se puede dividir en:

No hace falta decir que esta es en realidad la secuencia de Varios comandos simples Después de ejecutar el script, los comandos se ejecutarán uno por uno de adelante hacia atrás según el contexto.

En comparación con los scripts básicos simples, los scripts de comandos estructurados pueden imponer un control de flujo lógico, cambiando así el orden de ejecución del programa (comando). Los comandos en el script básico se ejecutan de arriba a abajo, pero el script de comando estructurado puede repetir u omitir ciertos comandos según un juicio lógico.

Los comandos estructurados (declaraciones) de uso común son:

Hay algunos bucles anidados y así sucesivamente, pero creo que he aprendido los 7 comandos anteriores y debería poder hacerlo. manejarlo. La mayoría de ellos se utilizan en análisis biométricos.

Recuerdo que cuando estaba en la escuela secundaria, mi profesor de física (también director) tenía una rutina interesante al explicarnos los ejercicios: No importa cuál sea el problema, escribe "Respuesta:" a continuación para mostrarlo. tu determinación para resolver el problema también es una sugerencia psicológica positiva. También existen rutinas para la creación de secuencias de comandos, pero en general es relativamente simple.

Para scripts simples (súper simples), simplemente conecte varios comandos juntos, separados por ";".

Para guiones más largos y complejos, generalmente es necesario crear un texto y editarlo dentro de él. Esto involucra editores de texto. Los más utilizados y simples son nano y vim. Son realmente simples y las reglas son fáciles de entender. Los tutoriales están disponibles, por lo que no entraré en detalles.

Por ejemplo, después de usar vim para crear un script, la sintaxis específica (rutina):

Ok, el script está terminado, ¿cómo hacer que el script comience a funcionar? Esto involucra las variables de entorno, rutas relativas y rutas absolutas mencionadas anteriormente.

Hay tres métodos:

Eso es todo, debes sentirlo un poco, el resto es solo practicar y practicar~