Cómo evitar que otros escaneen nombres de dominio vinculados a la misma IP

De ninguna manera, porque tu IP es fija.

Ten cuidado. Cualquier sitio web en el servidor, sin importar cuán grande o pequeño sea, debe ser parcheado. No lo descuides. Una vez invadí un host porque había una vulnerabilidad en un pequeño sitio web en su máquina. Subí un parche. El troyano se incendió y, como resultado, otros sitios web quedaron expuestos.

También puedes establecer permisos y dividir hosts virtuales. No entiendo esto, pero tu administrador de red sí.