¿Qué lenguaje es mejor para aprender programación en la escuela secundaria?

Tanto C/CLI como C#.

C/CLI es una modificación apropiada de C para adaptarse al framework .NET.

C# ha sufrido cambios importantes específicamente para el marco .NET.

Ahora que ha aprendido el lenguaje C, puede mirar directamente la parte orientada a objetos de C y C#.

No hay ningún tutorial para C/CLI. Hay algunos materiales explicativos en Internet que señalan las diferencias entre C/CLI y C. Así que aprende C.