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Hay muchos tipos de proteínas quinasas, que se pueden dividir en cinco categorías según el tipo de residuos de aminoácidos que están fosforilados en la proteína sustrato, a saber:

① Proteína serina/treonina (Ser/Thr) quinasa: grupo hidroxilo de la proteína que se fosforila;

(2) Proteína quinasa Tyr: el grupo hidroxilo fenólico de la proteína sirve como aceptor de fósforo;

③Proteína quinasa histidina: histidina y la arginina en la proteína O el grupo básico de la lisina está fosforilado, que aparece principalmente en el "sistema de señalización de dos componentes";

④Proteína quinasa triptófano: el residuo de triptófano en la proteína sirve como cuerpo aceptor de fósforo;

⑤Aspartil/glutamil proteína quinasa: La proteína acilo actúa como aceptor de fósforo.

En la actualidad se descubren principalmente los tres primeros tipos de proteínas quinasas vegetales.