¿Se puede depurar arduino?

¿A qué aspecto de la depuración te refieres? Responderé a todos tus casos:

1) Si tu Arduino tiene el código subido y tú no tienes el código fuente, entonces te es imposible modificar el código que hay dentro. Casi ningún microcontrolador no puede cambiar el código anterior a menos que la interfaz de usuario le permita hacerlo. Lo único que puedes hacer es volver a subir.

2) Si tienes el código fuente, puedes conectar el Arduino al ordenador, editarlo a través del entorno de desarrollo integrado y luego subirlo. Puede depurar indefinidamente en el entorno de desarrollo integrado.

3) Si deseas cambiar la programación incorporada de Arduino, necesitarás grabar el gestor de arranque y convertirlo en tu propio controlador en lugar de usar todo el código incorporado original. Esto significa que desea cambiar la programación del firmware. Puede volver a actualizar el chip Arduino utilizando otro Arduino u otros métodos a través de una conexión ISP. Por lo tanto, Arduino es capaz de realizar una depuración completa del firmware.

Esta es tu situación.