Programación de ADN

No es necesario que lo reescribas tú mismo. La agricultura de tala y quema por sí sola no es una buena idea.

Resulta que estoy haciendo bioinformática y tengo un poco de conocimiento sobre bioperl. Escribí un pequeño guión para ti, ¡puedes usar esta herramienta para obtener tu secuencia rápidamente! !

Te lo cuento en general, comprueba por ti mismo cómo acceder a la web de bioperl.

Ahora, asumiendo que todas tus secuencias están en formato fasta, úsalo primero.

gato*. fasta & gtsingle_full_fasta.fasta

Todas las secuencias fasta están integradas en el formato fasta.

Luego escriba un script de bioperl (debe instalar bioperl con anticipación, es muy simple en Debian y Ubuntu, en su propio código fuente. Simplemente sudo apt-get para instalar bioperl directamente, muy conveniente). Para su referencia:

El uso del script es:

perl get _ fasta _ length . pl single _ all _ fasta length . I No hay ningún script de prueba. Puedes corregir algunos errores menores:

#!/usr/bin/perl -w

Usar estricto;

Usar Bio::SeqIO;

my $in = shift #leer nombre de archivo

my $out = shift #leer nombre de archivo de salida

my $flag = 0; Abra WH,">>$ out "

$SeqIO_obj = Bio::SeqIO ->Nuevo (-file = >$inch',

-f = & gt; fasta');

while($ seq _ obj = $ seqio _ obj-& gt; next_seq() ) {

print WH "$seq_obj->desc\t $ seq_obj->length\n";

Imprimir "Procesando $flag secuencia...\n";

$flag++;

}

"Impresión completada, * * * está procesando la secuencia $flag! Guarde el resultado en el archivo $out\n ";

Cerrar WH;

Sugerencias:

Aprende bien bioinfo, no perl o bioperl. No solo puede procesar fácilmente por lotes formatos de secuencia, analizar resultados de explosión e incluso realizar explosión dentro de un script, sino que también puede operar bases de datos biosql. Jaja, recomiendo seguir estudiando.