¿Cuál es la diferencia entre la arquitectura de lámpara y j2ee? Descubrí que mysql se puede usar para bases de datos y ambos se pueden implementar en Linux. El gran problema son jsp y php.

No entiendes esto superficialmente, pero no entiendes el punto en absoluto.

La base de datos MySQL no está desarrollada específicamente para el lenguaje Java. La mayoría de los lenguajes pueden conectarse a la base de datos MySQL.

Del mismo modo, Linux es un sistema operativo, con una mayor gama de usos y capacidades, y soporta más lenguajes de desarrollo.

Estas dos cosas son plataformas comunes y, por supuesto, se pueden aplicar muchas tecnologías.