Análisis de tiempo propuesto por Monocle 2

Cuando Monocle realiza un análisis de series de tiempo, primero debe construir un CDS, lo que requiere tres matrices: expr.matrix, pd y fd. En segundo lugar, los objetos en Seurat deben convertirse en objetos reconocidos por monocle. Luego seleccione los genes en los que desea basar su serie de tiempo, si conoce las células al inicio y al final del proceso, simplemente compare las células recolectadas al comienzo del proceso con las células recolectadas al final, encuentre las expresadas diferencialmente genes y series de tiempo Generalmente es muy efectivo seleccionar genes basándose en análisis diferenciales en puntos de tiempo, pero si no tenemos datos de series de tiempo, podemos seleccionar genes con alta discreción y gran expresión. Para los genes que no están incluidos en los datos de la serie temporal, se pueden seleccionar genes con alta dispersión y altos niveles de expresión.

Bienvenido~

Referencia: http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/

https://cole -trapnell-lab.github.io/monocle-release/Paul_dataset_analysis_final.html