Programación de animación MFC

No puede determinar cuál es su problema sin publicar el código. Las ventanas de MFC se dibujan mediante GDI y GDI en sí no es seguro para subprocesos. Es decir, si varios subprocesos dibujan en una ventana al mismo tiempo, se debe utilizar un mecanismo de sincronización para garantizar que solo un subproceso dibuja a la vez. Supongo que la mayor parte de tu problema se debe a que no realizaste la sincronización entre subprocesos.

Documento de referencia oficial de Microsoft: /en-us/library/ms684256 (vs.85). aspx.